Sebelum sukses seperti sekarang, Lopetegui sebenarnya sempat berjaya saat menangani tim junior Spanyol. Pria yang sewaktu aktif sebagai pemain beroperasi sebagai penjaga gawang itu, membawa Timnas Spanyol juara Piala Eropa U-19 2012 dan U-21 2013.
Kesuksesan bersama tim junior, membuat Lopetegui naik pangkat. Pada musim panas 2016, Lopetegui dipercaya menangani Timnas senior Spanyol.
(Lopetegui (tengah) jelang bawa Spanyol tampil di Piala Dunia 2018)
Hasilnya luar biasa, dalam 20 laga awal bersama La Furia Roja –julukan Timnas Spanyol, Lopetegui membawa Sergio Ramos dan kawan-kawan tidak terkalahkan dengan koleksi 14 menang dan enam imbang. Atas hasil itu, Spanyol lolos ke Piala Dunia 2018.
Kesuksesan bersama Spanyol membuat Lopetegui diburu Real Madrid, tim yang baru saja ditinggalkan sang pelatih, Zinedine Zidane. Ternyata, kesempatan menangani Madrid tidak ditolak Lopetegui.
Ia memutuskan akan menangani Madrid per musim 2018-2019, di tengah-tengah persiapan Timnas Spanyol jelang tampil di Piala Dunia 2018. Ternyata, keputusan yang diambil Lopetegui membuat Federasi Sepakbola Spanyol (RFEF) naik pitam. RFEF memutuskan memecat Lopetegui H-2 sebelum digulirkannya Piala Dunia 2018!
Kemudian, posisi Lopetegui digantikan Fernando Hierro dan langkah Spanyol terhenti di babak 16 besar. Padahal, jika Lopetegui masih duduk di kursi pelatih, Spanyol memiliki kesempatan besar menjadi kampiun di akhir turnamen.