Pemain Jerman berusia 24 tahun itu akan menyertai Chelsea pada Julai, selepas musim Bundesliga Jerman tamat.
Werner yang menyertai Leipzig dari Stuttgart pada 2016 berjaya menjaringkan 32 gol dalam semua kejohanan untuk kelab Jerman itu musim ini.
Sebelum ini, Werner dikaitkan dengan perpindahan ke Liverpool namun perjanjian gagal dicapai kerana bayaran perpindahan yang terlalu tinggi.
Liverpool dilaporkan tidak mahu membayar jumlah penebusan kontrak Werner yang dikatakan bernilai lebih £50 juta (RM268 juta).
Chelsea dipercayai membayar sekitar £43 juta untuk membawa Werner ke Stamford Bridge bagi menguatkan barisan serangan skuad Frank Lampard.
Dalam kenyataan yang dikeluarkan Chelsea, pengarah kelab itu, Marina Granovskaia menyatakan keterujaannya dapat membawa seorang nama besar di Eropah ke Stamford Bridge.
Werner pula memberitahu dia gembira dan bangga dapat menyertai kelab hebat seperti Chelsea.